Najpierw powinieneś wyprostować sytuację z mapami, a dopiero później robić inwentaryzację. Bez tego każda nowa mapa będzie skażona i będą te błędy się kumulowały.
Spróbuj nakłonić geodetę to skorygowania błędu, ale po tak długim okresie czasu możesz mieć z tym problem. Najprościej było by Ci zrobienie wznowienie granic lub rozgraniczenie - te dwa procesy mogą zmieniać granice działek w EGiB.